| 試合日時 | 大会概要 | 試合結果 | スタジアム |
|---|---|---|---|
| 2020/03/15(日) 13:00 |  第1節 |  鈴鹿ポイントゲッターズ 中止  MIOびわこ滋賀 | AGF鈴鹿 |
| 2020/03/21(土) 13:00 | 第2節 | MIOびわこ滋賀 中止  FC大阪 | 東近江 |
| 2020/03/29(日) 13:00 | 第3節 |  ホンダロックSC 中止 MIOびわこ滋賀 | 宮崎県 |
| 2020/04/05(日) 13:00 | 第4節 |  松江シティFC 中止 MIOびわこ滋賀 | 出雲 |
| 2020/04/11(土) 13:00 | 第5節 | MIOびわこ滋賀 中止  FCマルヤス岡崎 | 東近江 |
| 2020/04/26(日) 13:00 | 第6節 |  いわきFC 中止 MIOびわこ滋賀 | Jヴィレッジ |
| 2020/05/03(日) 13:00 | 第7節 | MIOびわこ滋賀 中止  高知ユナイテッドSC | 東近江 |
| 2020/05/17(日) 13:00 | 第8節 |  ラインメール青森 中止 MIOびわこ滋賀 | 新青森球 |
| 2020/05/30(土) 13:00 | 第9節 | MIOびわこ滋賀 中止  ヴィアティン三重 | 東近江 |
| 2020/06/06(土) 13:00 | 第10節 |  テゲバジャーロ宮崎 中止 MIOびわこ滋賀 | 宮崎市 |
| 2020/06/14(日) 13:00 | 第11節 | MIOびわこ滋賀 中止  Honda FC | 東近江 |
| 2020/06/21(日) 15:00 | 第12節 |  東京武蔵野シティFC 中止 MIOびわこ滋賀 | 武蔵野 |
| 2020/06/27(土) 12:00 | 第13節 | MIOびわこ滋賀 中止  奈良クラブ | 東近江 |
| 2020/07/04(土) 13:00 | 第14節 |  ヴェルスパ大分 中止 MIOびわこ滋賀 | 日田 |
| 2020/07/12(日) 15:00 | 第15節 | MIOびわこ滋賀 中止  ソニー仙台FC | 東近江 |
| 2020/07/19(日) 15:00 | 第16節 | MIOびわこ滋賀 3 - 3 鈴鹿ポイントゲッターズ | 甲賀 |
| 2020/08/02(日) 11:00 | 滋賀FA杯 準決勝 | MIOびわこ滋賀 4 - 1  びわこ成蹊スポーツ大学 | ビッグレイクC |
| 2020/08/15(土) 10:00 | 滋賀FA杯 決勝 | MIOびわこ滋賀 - びわこ成蹊スポーツ大学 HIRA | 東近江 |
| 2020/08/23(日) 15:00 | 第17節 | FC大阪 - MIOびわこ滋賀 | 花園第2 |
| 2020/08/29(土) 15:00 | 第18節 | MIOびわこ滋賀 - ラインメール青森 | 甲賀 |
| 2020/09/06(日) 15:00 | 第19節 | ヴィアティン三重 - MIOびわこ滋賀 | 東員町 |
| 2020/09/13(日) 13:00 | 第20節 | MIOびわこ滋賀 - テゲバジャーロ宮崎 | 甲賀 |
| 2020/09/19(土) 18:00 | 第21節 | Honda FC - MIOびわこ滋賀 | 都田 |
| 2020/09/26(土) 13:00 | 第22節 | FCマルヤス岡崎 - MIOびわこ滋賀 | 未定 |
| 2020/10/03(土) 13:00 | 第23節 | MIOびわこ滋賀 - 松江シティFC | 甲賀 |
| 2020/10/18(日) 13:00 | 第24節 | MIOびわこ滋賀 - ホンダロックSC | 東近江 |
| 2020/10/24(土) 13:00 | 第25節 | ソニー仙台FC - MIOびわこ滋賀 | めぐみＡ |
| 2020/10/31(土) 13:00 | 第26節 | MIOびわこ滋賀 - ヴェルスパ大分 | 東近江 |
| 2020/11/08(日) | 第27節 | 高知ユナイテッドSC - MIOびわこ滋賀 | 春野陸 |
| 2020/11/15(日) 13:00 | 第28節 | MIOびわこ滋賀 - いわきFC | 東近江 |
| 2020/11/22(日) 13:00 | 第29節 | MIOびわこ滋賀 - 東京武蔵野シティFC | 東近江 |
| 2020/11/29(日) 13:00 | 第30節 | 奈良クラブ - MIOびわこ滋賀 | ならでん |
第27節の高知戦のキックオフ時間は未定となっております。