| 試合日時 | 大会概要 | 試合結果 | スタジアム |
|---|---|---|---|
| 2013/03/10(日) 13:00 |  第1節 |  MIOびわこ滋賀 3 - 0  ブラウブリッツ秋田 | 東近江 |
| 2013/03/17(日) 13:00 | 第2節 |  ソニー仙台FC 0 - 0 MIOびわこ滋賀 | ユアスタ |
| 2013/03/24(日) 13:00 | 第3節 | MIOびわこ滋賀 0 - 2 藤枝MYFC | 東近江 |
| 2013/03/31(日) 13:00 | 第4節 |  横河武蔵野FC 2 - 0 MIOびわこ滋賀 | 夢の島 |
| 2013/04/07(日) 13:00 | 第5節 | MIOびわこ滋賀 4 - 1 FC琉球 | 甲賀 |
| 2013/04/14(日) 13:00 | 第6節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0 福島ユナイテッドFC | 甲賀 |
| 2013/04/20(土) 13:00 | 第7節 |  佐川印刷SC 0 - 2 MIOびわこ滋賀 | 太陽が丘 |
| 2013/04/28(日) 14:00 | 第8節 | MIOびわこ滋賀 1 - 2 Y.S.C.C. | 甲賀 |
| 2013/05/01(水) 13:00 | 第9節 |  Honda FC 1 - 1 MIOびわこ滋賀 | 都田 |
| 2013/05/05(日) 13:00 | 第10節 | MIOびわこ滋賀 0 - 4 カマタマーレ讃岐 | 東近江 |
| 2013/05/11(土) 15:00 | 第11節 | AC長野パルセイロ 2 - 2 MIOびわこ滋賀 | 南長野 |
| 2013/05/18(土) 13:00 | 第12節 | MIOびわこ滋賀 2 - 3 FC町田ゼルビア | 東近江 |
| 2013/05/26(日) 13:00 | 第13節 | MIOびわこ滋賀 0 - 1 SC相模原 | 湖南 |
| 2013/06/02(日) 13:00 | 第14節 | MIOびわこ滋賀 0 - 4  栃木ウーヴァFC | 湖南 |
| 2013/06/09(日) 13:00 | 第15節 |  ホンダロックSC 1 - 0 MIOびわこ滋賀 | 宮崎小林 |
| 2013/06/16(日) 13:00 | 第16節 | HOYO大分 2 - 1 MIOびわこ滋賀 | 大銀サＡ |
| 2013/06/22(土) 14:00 | 第17節 |  ツエーゲン金沢 3 - 2 MIOびわこ滋賀 | 津幡 |
| 2013/06/30(日) 13:00 | 第18節 | Y.S.C.C. 1 - 1 MIOびわこ滋賀 | 保土ヶ谷 |
| 2013/07/06(土) 15:00 | 第19節 | MIOびわこ滋賀 0 - 2 Honda FC | 東近江 |
| 2013/07/14(日) 13:00 | 第20節 | カマタマーレ讃岐 2 - 1 MIOびわこ滋賀 | 香川サ |
| 2013/07/21(日) 15:00 | 第21節 | MIOびわこ滋賀 1 - 5 AC長野パルセイロ | 東近江 |
| 2013/07/28(日) 15:00 | 第22節 | FC町田ゼルビア 3 - 1 MIOびわこ滋賀 | 町田 |
| 2013/08/04(日) 15:00 | 第23節 | SC相模原 2 - 1 MIOびわこ滋賀 | 相模原 |
| 2013/08/11(日) 14:00 | 第24節 | 栃木ウーヴァFC 3 - 2 MIOびわこ滋賀 | 足利市陸 |
| 2013/08/25(日) 13:10 |  決勝 | MIOびわこ滋賀 3 - 0  びわこ成蹊スポーツ大学 | 甲賀 |
| 2013/08/31(土) 15:00 |  1回戦 | 佐川印刷SC 2 - 0 MIOびわこ滋賀 | 西京極 |
| 2013/09/15(日) 13:00 | 第25節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0 ホンダロックSC | 甲賀 |
| 2013/09/21(土) 15:00 | 第26節 | FC琉球 3 - 1 MIOびわこ滋賀 | 沖縄市陸 |
| 2013/09/29(日) 13:00 | 第27節 | MIOびわこ滋賀 1 - 2 横河武蔵野FC | 甲賀 |
| 2013/10/06(日) 13:00 | 第28節 | 藤枝MYFC 0 - 3 MIOびわこ滋賀 | 藤枝市民 |
| 2013/10/19(土) 13:00 | 第29節 | MIOびわこ滋賀 2 - 2 ツエーゲン金沢 | 東近江 |
| 2013/10/26(土) 13:00 | 第30節 | MIOびわこ滋賀 2 - 0 HOYO大分 | 甲賀 |
| 2013/11/03(日) 13:00 | 第31節 | MIOびわこ滋賀 0 - 1 佐川印刷SC | 東近江 |
| 2013/11/10(日) 13:00 | 第32節 | 福島ユナイテッドFC 0 - 3 MIOびわこ滋賀 | 鏡石 |
| 2013/11/17(日) 13:00 | 第33節 | ブラウブリッツ秋田 2 - 1 MIOびわこ滋賀 | 秋田球 |
| 2013/11/24(日) 13:00 | 第34節 | MIOびわこ滋賀 0 - 0 ソニー仙台FC | 東近江 |