| 試合日時 | 大会概要 | 試合結果 | スタジアム |
|---|---|---|---|
| 2016/03/06(日) 13:00 |  ファーストステージ第1節 |  MIOびわこ滋賀 2 - 0  奈良クラブ | 甲賀 |
| 2016/03/12(土) 13:00 | ファーストステージ第2節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0  ラインメール青森 | 東近江 |
| 2016/03/20(日) 13:00 | ファーストステージ第3節 |  ヴェルスパ大分 1 - 1 MIOびわこ滋賀 | 大銀サＡ |
| 2016/03/26(土) 13:00 | ファーストステージ第4節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0  ホンダロックSC | 東近江 |
| 2016/04/03(日) 13:00 | ファーストステージ第5節 |  FC大阪 2 - 0 MIOびわこ滋賀 | ﾔﾝﾏｰｽﾀ |
| 2016/04/10(日) 13:00 | ファーストステージ第6節 | MIOびわこ滋賀 0 - 2 ヴァンラーレ八戸 | 東近江 |
| 2016/04/16(土) 13:00 | ファーストステージ第7節 |  ソニー仙台FC 5 - 1 MIOびわこ滋賀 | 宮城県Ｂ |
| 2016/04/23(土) 13:00 | ファーストステージ第8節 | MIOびわこ滋賀 2 - 1 アスルクラロ沼津 | 東近江 |
| 2016/04/29(金) 13:00 | ファーストステージ第9節 |  Honda FC 1 - 0 MIOびわこ滋賀 | 都田 |
| 2016/05/03(火) 13:00 | ファーストステージ第10節 | MIOびわこ滋賀 2 - 3 ブリオベッカ浦安 | 東近江 |
| 2016/05/08(日) 13:00 | ファーストステージ第11節 | ファジアーノ岡山ネクスト 1 - 2 MIOびわこ滋賀 | 津山 |
| 2016/05/15(日) 13:00 | ファーストステージ第12節 |  流経大ドラゴンズ龍ケ崎 5 - 2 MIOびわこ滋賀 | 龍ケ崎 |
| 2016/05/22(日) 13:00 | ファーストステージ第13節 | 栃木ウーヴァFC 1 - 4 MIOびわこ滋賀 | 小山 |
| 2016/05/29(日) 13:00 | ファーストステージ第14節 | MIOびわこ滋賀 0 - 1  FCマルヤス岡崎 | 東近江 |
| 2016/06/05(日) 13:00 | ファーストステージ第15節 |  東京武蔵野シティFC 0 - 1 MIOびわこ滋賀 | 武蔵野 |
| 2016/06/19(日) 13:00 | セカンドステージ第1節 | アスルクラロ沼津 3 - 3 MIOびわこ滋賀 | 富士 |
| 2016/06/26(日) 15:00 | セカンドステージ第2節 | MIOびわこ滋賀 0 - 3 Honda FC | 甲賀 |
| 2016/07/02(土) 13:00 | セカンドステージ第3節 | ブリオベッカ浦安 3 - 1 MIOびわこ滋賀 | 柏の葉 |
| 2016/07/10(日) 15:00 | セカンドステージ第4節 | MIOびわこ滋賀 3 - 1 ファジアーノ岡山ネクスト | 甲賀 |
| 2016/07/17(日) 15:00 | セカンドステージ第5節 | MIOびわこ滋賀 1 - 3 FC大阪 | 東近江 |
| 2016/07/23(土) 13:00 | セカンドステージ第6節 | ホンダロックSC 0 - 0 MIOびわこ滋賀 | 宮崎市 |
| 2016/07/27(水) 16:00 | 滋賀FA杯 準決勝 |  MIOびわこ滋賀 4 - 1  レイジェンド滋賀FC | ビッグレイクC |
| 2016/07/31(日) 15:00 | セカンドステージ第7節 | MIOびわこ滋賀 1 - 1 ヴェルスパ大分 | 東近江 |
| 2016/08/21(日) 11:00 | 滋賀FA杯 決勝 | MIOびわこ滋賀 4 - 2  びわこ成蹊スポーツ大学 | 皇子山 |
| 2016/08/27(土) 13:00 |  1回戦 | MIOびわこ滋賀 1 - 3 関西学院大学 | 東近江 |
| 2016/09/10(土) 15:00 | セカンドステージ第8節 | MIOびわこ滋賀 0 - 0 東京武蔵野シティFC | 甲賀 |
| 2016/09/17(土) 15:30 | セカンドステージ第9節 | FCマルヤス岡崎 0 - 0 MIOびわこ滋賀 | 名古屋港 |
| 2016/09/24(土) 15:00 | セカンドステージ第10節 | MIOびわこ滋賀 0 - 2 ソニー仙台FC | 甲賀 |
| 2016/10/02(日) 13:00 | セカンドステージ第11節 | ヴァンラーレ八戸 0 - 2 MIOびわこ滋賀 | ダイスタ |
| 2016/10/23(日) 13:00 | セカンドステージ第12節 | MIOびわこ滋賀 3 - 2 栃木ウーヴァFC | 東近江 |
| 2016/10/30(日) 13:00 | セカンドステージ第13節 | MIOびわこ滋賀 1 - 2 流経大ドラゴンズ龍ケ崎 | 甲賀 |
| 2016/11/05(土) 13:00 | セカンドステージ第14節 | 奈良クラブ 2 - 2 MIOびわこ滋賀 | 鴻ノ池 |
| 2016/11/13(日) 13:00 | セカンドステージ第15節 | ラインメール青森 0 - 2 MIOびわこ滋賀 | 青森陸 |