| 試合日時 | 大会概要 | 試合結果 | スタジアム |
|---|---|---|---|
| 2009/03/15(日) 13:00 |  前期第1節 | ガイナーレ鳥取 1 - 0  MIOびわこ草津 | とりスタ |
| 2009/03/20(金) 13:00 | 前期第2節 | MIOびわこ草津 2 - 2  Honda FC | 皇子山 |
| 2009/03/29(日) 13:00 | 前期第3節 | ホンダロック 1 - 1 MIOびわこ草津 | 延岡西階 |
| 2009/04/05(日) 13:00 | 前期第4節 | V・ファーレン長崎 1 - 1 MIOびわこ草津 | 長崎県 |
| 2009/04/12(日) 13:00 | 前期第5節 | MIOびわこ草津 2 - 0 三菱水島FC | 皇子山 |
| 2009/04/18(土) 13:00 | 前期第6節 | アルテ高崎 3 - 1 MIOびわこ草津 | 群馬サ |
| 2009/04/25(土) 13:00 | 前期第7節 | MIOびわこ草津 1 - 2 FC琉球 | 上野競 |
| 2009/04/29(水) 14:00 | 前期第8節 | ジェフリザーブズ 2 - 0 MIOびわこ草津 | 市原 |
| 2009/05/05(火) 13:00 | 前期第9節 | MIOびわこ草津 0 - 1 町田ゼルビア | 鈴鹿 |
| 2009/05/10(日) 13:00 | 前期第10節 | TDK SC 2 - 3 MIOびわこ草津 | 仁賀保 |
| 2009/05/17(日) 13:00 | 前期第11節 | MIOびわこ草津 3 - 2 SAGAWA SHIGA FC | 皇子山 |
| 2009/05/23(土) 13:00 | 前期第12節 | 佐川印刷SC 3 - 1 MIOびわこ草津 | 西京極 |
| 2009/05/31(日) 13:00 | 前期第13節 | MIOびわこ草津 2 - 2 ニューウェーブ北九州 | 湖南 |
| 2009/06/06(土) 13:00 | 前期第14節 |  ソニー仙台FC 0 - 1 MIOびわこ草津 | 七ヶ浜 |
| 2009/06/13(土) 13:00 | 前期第15節 | MIOびわこ草津 3 - 0 FC刈谷 | 湖南 |
| 2009/06/20(土) 13:00 | 前期第16節 | 横河武蔵野FC 1 - 3 MIOびわこ草津 | 武蔵野 |
| 2009/06/28(日) 13:00 | 前期第17節 | MIOびわこ草津 4 - 0 流通経済大学 | 湖南 |
| 2009/07/04(土) 13:00 | 後期第1節 | MIOびわこ草津 3 - 1 ガイナーレ鳥取 | 湖南 |
| 2009/07/11(土) 13:00 | 後期第2節 | MIOびわこ草津 2 - 1 アルテ高崎 | 湖南 |
| 2009/07/19(日) 15:00 | 後期第3節 | FC琉球 1 - 0 MIOびわこ草津 | 沖縄西原 |
| 2009/07/26(日) 13:00 | 後期第4節 | MIOびわこ草津 0 - 0 ジェフリザーブズ | 湖南 |
| 2009/08/02(日) 14:00 | 後期第5節 | 町田ゼルビア 1 - 1 MIOびわこ草津 | 町田 |
| 2009/08/08(土) 13:00 | 後期第6節 | MIOびわこ草津 2 - 1 TDK SC | 湖南 |
| 2009/08/16(日) 16:00 | 後期第7節 | SAGAWA SHIGA FC 0 - 0 MIOびわこ草津 | 佐川守山 |
| 2009/09/05(土) 13:00 | 後期第8節 | MIOびわこ草津 1 - 1 佐川印刷SC | 湖南 |
| 2009/09/12(土) 17:00 | 後期第9節 | ニューウェーブ北九州 1 - 0 MIOびわこ草津 | 本城 |
| 2009/09/23(水) 13:00 | 後期第10節 | MIOびわこ草津 1 - 2 ソニー仙台FC | 湖南 |
| 2009/10/04(日) 13:00 | 後期第11節 | FC刈谷 3 - 2 MIOびわこ草津 | 刈谷 |
| 2009/10/17(土) 14:00 | 後期第12節 | 三菱水島FC 0 - 2 MIOびわこ草津 | 笠岡 |
| 2009/10/25(日) 13:00 | 後期第13節 | MIOびわこ草津 3 - 0 V・ファーレン長崎 | 皇子山 |
| 2009/11/07(土) 13:00 | 後期第14節 | MIOびわこ草津 1 - 1 ホンダロック | 湖南 |
| 2009/11/15(日) 13:00 | 後期第15節 | 流通経済大学 3 - 0 MIOびわこ草津 | 龍ヶ崎 |
| 2009/11/21(土) 13:00 | 後期第16節 | MIOびわこ草津 1 - 3 横河武蔵野FC | 湖南 |
| 2009/11/29(日) 13:00 | 後期第17節 | Honda FC 1 - 4 MIOびわこ草津 | 都田 |