| 試合日時 | 大会概要 | 試合結果 | スタジアム |
|---|---|---|---|
| 2012/03/11(日) 13:00 |  第1節 |  栃木ウーヴァFC 0 - 3  MIOびわこ滋賀 | 栃木市 |
| 2012/03/18(日) 13:00 | 第2節 | MIOびわこ滋賀 2 - 2 FC琉球 | 東近江 |
| 2012/03/25(日) 13:00 | 第3節 |  ホンダロックSC 1 - 4 MIOびわこ滋賀 | 宮崎市 |
| 2012/03/31(土) 13:00 | 第4節 | MIOびわこ滋賀 3 - 1  ツエーゲン金沢 | 東近江 |
| 2012/04/08(日) 13:00 | 第5節 |  Honda FC 0 - 1 MIOびわこ滋賀 | 都田 |
| 2012/04/14(土) 13:00 | 第6節 | MIOびわこ滋賀 1 - 4 V・ファーレン長崎 | 東近江 |
| 2012/04/22(日) 13:00 | 第7節 | AC長野パルセイロ 3 - 1 MIOびわこ滋賀 | 南長野 |
| 2012/04/29(日) 13:00 | 第8節 | MIOびわこ滋賀 2 - 2  SAGAWA SHIGA FC | 東近江 |
| 2012/05/03(木) 13:00 | 第9節 | 藤枝MYFC 1 - 7 MIOびわこ滋賀 | 藤枝サ |
| 2012/05/06(日) 14:00 | 第10節 | MIOびわこ滋賀 2 - 2 Y.S.C.C. | 湖南 |
| 2012/05/13(日) 13:00 | 第11節 |  ソニー仙台FC 2 - 0 MIOびわこ滋賀 | ユアスタ |
| 2012/05/26(土) 15:00 | 第13節 |  横河武蔵野FC 1 - 2 MIOびわこ滋賀 | 武蔵野 |
| 2012/06/03(日) 13:00 | 第14節 | MIOびわこ滋賀 0 - 1  ブラウブリッツ秋田 | 湖南 |
| 2012/06/10(日) 13:00 | 第15節 | HOYO大分 0 - 5 MIOびわこ滋賀 | 大分陸 |
| 2012/06/16(土) 13:00 | 第16節 |  佐川印刷SC 1 - 1 MIOびわこ滋賀 | 西京極 |
| 2012/06/24(日) 13:00 | 第17節 | MIOびわこ滋賀 1 - 1 カマタマーレ讃岐 | 東近江 |
| 2012/07/01(日) 13:00 | 第18節 | SAGAWA SHIGA FC 4 - 0 MIOびわこ滋賀 | 佐川守山 |
| 2012/07/08(日) 13:00 | 第19節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0 藤枝MYFC | 東近江 |
| 2012/07/14(土) 15:00 | 第20節 | Y.S.C.C. 3 - 0 MIOびわこ滋賀 | ニッパ球 |
| 2012/07/22(日) 15:00 | 第21節 | MIOびわこ滋賀 0 - 3 ソニー仙台FC | 東近江 |
| 2012/08/04(土) 15:00 | 第23節 | MIOびわこ滋賀 1 - 1 横河武蔵野FC | 東近江 |
| 2012/08/15(水) 11:00 |  準決勝 | MIOびわこ滋賀 4 - 2  レイジェンド滋賀FC | 皇子山 |
| 2012/08/19(日) 16:00 | 第24節 | ブラウブリッツ秋田 0 - 0 MIOびわこ滋賀 | 仁賀保 |
| 2012/08/28(火) 13:10 | 決勝 | SAGAWA SHIGA FC 3 - 0 MIOびわこ滋賀 | 皇子山 |
| 2012/09/16(日) 13:00 | 第25節 | MIOびわこ滋賀 1 - 0 HOYO大分 | 甲賀 |
| 2012/09/23(日) 13:00 | 第26節 | MIOびわこ滋賀 3 - 1 Honda FC | 湖南 |
| 2012/09/30(日) 15:00 | 第27節 | ツエーゲン金沢 2 - 2 MIOびわこ滋賀 | 金沢 |
| 2012/10/06(土) 13:00 | 第28節 | MIOびわこ滋賀 1 - 2 ホンダロックSC | 湖南 |
| 2012/10/14(日) 13:00 | 第29節 | カマタマーレ讃岐 0 - 1 MIOびわこ滋賀 | 香川サ |
| 2012/10/20(土) 13:00 | 第30節 | MIOびわこ滋賀 1 - 2 佐川印刷SC | 東近江 |
| 2012/10/28(日) 13:00 | 第31節 | MIOびわこ滋賀 3 - 3 AC長野パルセイロ | 東近江 |
| 2012/11/04(日) 13:00 | 第32節 | V・ファーレン長崎 1 - 1 MIOびわこ滋賀 | 佐世保 |
| 2012/11/11(日) 13:00 | 第33節 | MIOびわこ滋賀 2 - 4 栃木ウーヴァFC | 東近江 |
| 2012/11/18(日) 13:00 | 第34節 | FC琉球 4 - 1 MIOびわこ滋賀 | 沖縄市陸 |